Program Studi Magister Pendidikan Agama Islam (S2 PAI) Institut Attaqwa KH. Noer Alie Bekasi hadir sebagai bentuk komitmen institusi dalam mengembangkan pendidikan tinggi Islam yang unggul, adaptif, dan berorientasi pada kebutuhan masyarakat serta perkembangan zaman. Program ini secara resmi memperoleh izin penyelenggaraan melalui Keputusan Menteri Agama (KMA) pada tahun 2024, yang menjadi tonggak penting dalam penguatan peran Institut Attaqwa KH. Noer Alie Bekasi sebagai lembaga pendidikan tinggi Islam yang terus berkembang.

Saat ini Program Magister Pendidikan Agama Islam telah berkembang dengan jumlah mahasiswa aktif sebanyak 30 mahasiswa yang tersebar pada semester II dan semester IV. Keberadaan mahasiswa dari berbagai latar belakang profesi dan pengalaman menjadi bagian dari dinamika akademik yang memperkuat proses pembelajaran, penelitian, serta pengabdian kepada masyarakat. Program ini diharapkan mampu melahirkan lulusan yang memiliki kompetensi akademik, kepemimpinan, serta integritas keislaman dalam menjawab tantangan pendidikan di era global dan transformasi digital.